当日，会议对实施健康扶贫工程进行了全面部署。会议指出，当前，因病致贫、因病返贫仍是造成贫困的重要因素，实施健康扶贫工程是党中央、国务院关于打赢脱贫攻坚战的决策部署，对于推进健康中国建设、全面建成小康社会具有重要意义。各地、各部门要将思想和行动统一到党中央、国务院的决策部署上来，切实增强责任感和使命感，将实施健康扶贫工程作为打赢脱贫攻坚战的一场关键战役，摆到更加突出的位置，动员社会力量，采取超常举措，防止因病致贫、因病返贫，为农村贫困人口脱贫提供健康保障。
会议强调，实施健康扶贫工程，必须坚决贯彻中央精准扶贫、精准脱贫的基本方略，因地因人施策、因病分类救治，切实提高健康扶贫的针对性和有效性。要完善全民医保制度，进一步增强防大病、兜底线能力。基本医保对农村贫困人口要给予更多扶持，建立与大病保险、医疗救助、商业健康保险等制度的衔接机制，协同互补，形成保障合力。新农合、大病保险和重特大疾病医疗救助三项制度对农村贫困人口全覆盖，新农合、大病保险对农村贫困人口实行政策倾斜，进一步提高门诊和住院费用实际报销比例，2016年新农合政策范围内住院费用报销比例再提高5个百分点以上。实行县域内住院先治疗后付费，实现基本医疗保险、大病保险、疾病应急救助、医疗救助“一站式”信息对接和即时结算，贫困患者只需在出院时支付自负医疗费用。
会议提出，对贫困大病患者要实行分类救治，能够一次性治愈的，集中力量进行治疗；需要维持治疗的，进行长期治疗；需要长期治疗和健康管理的，由医院和基层医疗卫生机构配合实施。2016年起，选择疾病负担较重、诊疗路径清晰、疗效确切的9种大病患者进行集中救治。实施光明工程，为农村贫困白内障患者提供救治。
同时，会议要求加强贫困地区医疗卫生服务体系建设，强化人才综合培养，实施三级医院稳定持续的“组团式”对口帮扶，提高贫困地区医疗卫生服务能力。要加快建设分级诊疗制度，组建家庭医生的签约团队，推进支付方式改革，统筹推进贫困地区医药卫生体制改革，激发贫困地区医疗服务内生动力。各级政府要将实施健康扶贫工程摆上重要议事日程，加大健康扶贫投入，充分动员社会力量参与，形成健康扶贫强大合力。要创新健康扶贫途径和形式，调动地方主观能动性，发挥基层创新能力，结合实际积极探索，推动实施健康扶贫工程取得实效。
本次会议以电视电话会议的形式在省、市、县三级分别设置视频会议分会场。28个省（区、市）卫生计生委、扶贫办的主要负责同志或分管负责同志和有关处室负责人，国家卫生计生委、国务院扶贫办有关司局和有关直属联系单位主要负责同志，解放军各军种后勤部卫生局，战略支援部队参谋部战勤计划局，中央军委训练管理部、国防动员部、机关事务管理总局办公厅（卫生局），武警部队后勤部卫生局，各军区善后工作办公室保障组卫生处、原各军区联勤部卫生部负责同志及有关处室负责人，在主会场参会。